上阳子金丹大要仙派
上阳子金丹大要仙派，元朝陈致虚撰。原为《金丹大要》之附篇，《正统道藏》本单出为一卷，收入太玄部。本篇分〈仙派〉及〈钟吕二仙庆诞仪〉两部分。〈仙派〉列举从内丹派教祖至陈致虚之传承谱系。以「太极先天老子」为教祖，谓其世世显化，在周朝降生为李耳，亦即「后圣玄元太上老子」。太上为东华帝君之师，从东华帝君经钟离权、吕洞宾、王重阳等人代代相承，传至陈致虚。〈钟吕二仙庆诞仪〉列举奉请祖师之法事科仪及贺表，送神文等。所请祖师有太上老君以下得道仙师尹喜、河上公、安期生、马呜生、阴长生、徐从事、魏伯阳、葛仙公、许真君等人；又有东华帝君以下全真道五祖七真，南宗张紫阳至白玉蟾等五祖；以及陈致虚先师宋德方至赵友钦、刘谷云等人。由此可见元代全真道与钟吕南宗合流之概况。陈致虚实兼承二派之代表人物。
素问入式运气论奥
素问入式运气论奥，北宋刘温舒撰。《通志•艺文略》着录刘温舒《素问论奥》四卷，当即此书。今《正统道藏》本三卷，收入太玄部。另有《四库全书》本三卷，其后附录《黄帝内经素问遗篇》一卷。此书前有元符乙卯年（1099）作者自序，宣称《素问》书中「气运」之说，最为补泻养生之要。但原书篇章杂乱，使人难以惯用。作者因此而「栖心圣典，究源附说，解惑分图，笺明奥义」，撰成此书。全书分三十篇，二十九图，大抵以《素问》经文为据，着重阐发其气运生化理论，以气运为治病养生之要。书末附录《五行胜复论》一篇，假设胡源与客人问答，讨论五运六气之道。
太上洞玄灵宝三一五气真经
太上洞玄灵宝三一五气真经，撰人不详。从内容文字看，似为南北朝道士所作。唐王悬河《上清道类事相》卷一引《皇人守三一经》，疑即此书。今本收入《正统道藏》太玄部。经文称轩辕黄帝往峨嵋山求见天真皇人，皇人授之存思服食要道。皇人称人身之神、血、炁为三一；泥丸、绛宫、丹田（即人体上中下三丹田）为三一之宫；又称五方之精炁为五牙，五牙即五气。修道者若能依法存守三一，服食五牙，割欲绝粒，则能身壮年寿，却邪成仙。故本书名曰「三一五气真经」。经文中又言存守真一之道。其内容已见于《抱朴子•地真篇》。
太上清静元洞真文玉字妙经
太上清净元洞真文玉字妙经，撰人不详。从内容文字看，似出于南北朝隋唐道士之手。一卷，收入《正统道藏》太玄部。此经由九段玉诀及一首韵文组成，其内容为解释「真文玉字」，即解释符文。书中仅存注解而无符文，注解文辞亦颇隐讳。大旨教人译读和书写符字之法。又教人呼念神仙魔鬼之名，以除凶灾。
太上洞玄灵宝天关经
《太上洞玄灵宝天关经》，撰人不详。从内容文字看，似为南北朝或隋唐道士所造。一卷，收入《正统道藏》太玄部。本书首先叙述宇宙生成过程，经历太易、太初、太始、太素诸阶段，然后天地生成。太上老君乃元气之父母，天地之本根，阴阳之祖首，万神之帝君，「万物莫不由之而生成也」。又称上有四梵三界三十二天，下有洞渊九地。天地之间有四等人类，即欲界之人、色界之人、无色界之人及种人。经文宣称种人若能修习道法，则升入三清道境，永免轮回。世人朝真诵神，归命十方天尊。可求长生。
太上修真玄章
太上修真玄章，撰人不详。一卷，收入《正统道藏》太玄部。全书分十章，言内丹家修炼性命之道。其说祖述张伯端金丹论，兼采宋儒之性气说，殆出于宋元道上之手。大旨以人身性命原理为立论之本。谓神为性，气为命，顶门泥丸为性根，脐中丹田为命蒂。性命皆有先天与后天之分。修道者于性命不可偏废，修性不修命则形难固，修命不修性则神不明，故须性命双修，而性先命后。又称：「炼金丹者以形譬鼎器，气喻药物，神喻火功。」修炼之要在于忘机绝虑以定鼎器，摄心归一以采药物，神不外驰以调火功。「忘形以养炁，忘炁以养神，忘神以养虚，形神俱妙，与道合真。」所谓忘者，非懵然无知，而是圆活澄湛，内外贞白，「纵之不逸于外，制之不拘于内，胸次间常虚豁豁地」，是谓真忘。总之以虚心无心为要，能虚无其心，「一念不动」，则神归炁复，自然相应。「迨夫脱胎神化，身外有身，聚则成形，散则成炁，则与虚无同体矣。」其说颇受司马承祯、吴筠等唐代道士影响。
太玄宝典
太玄宝典，撰人不详。从内容看，似出于唐宋间。二卷，收入《正统道藏》太玄部。本书分为〈修真冲寂门〉、〈修真符圣门〉、〈修真致妙门〉、〈炼凡生神门〉、〈炼凡出象门〉、〈养气构神门〉、〈养气增灵门〉、〈炼凡全真门〉。凡八门，五十余章。内容主要论述炼养形神，保固精气之道。书中称：「太虚者，在天地之中，无方无所，非气非形。」太虚化生三才，「清而为天，浊而为地，清浊分而生人」。修真炼养之要，在于「炼虚灵而涤昏浊」，保养精气，返还太虚。其法先虚心养气，炼气养神则精坚固。精坚则可以保命。但男女修炼之法不同，男子炼气成真而保精，女子炼血成真而保神。书中所述炼气方法，以胎息服气，存想按摩为主。兼及服药。如书中称人参、菖蒲、地黄、巨胜、黄精等草药为「草中五行丹」，服之可使精固神定。
玄宗直指万法同归
元代全真道道士牧常晁撰，黄本仁编集。七卷，收入《正统道藏》太玄部。书中收录牧常晁诗文，大致可分为四类：其一为论说类，包括《无极太极图序》、《三教同源譬说》、《万法归一图说》等，共三十五章。 其二为问答类，包括问金丹性命约八十条，问太极四十余条。 其三为诗偈类，包括金丹诗六十六首，禅宗公案三十条，杂颂诗词约三百余首。 其四为劝戒类，包括劝报父母十恩及人天十替。全书大旨以合三教，齐万法为宗。谓中庸、真常、常住为三教之极，皆指千古不易之至理。儒、释、道三家「同一太极共一性理，鼎立于华夷之间，均以教育为心」。作者主张融会三教性理之说，而归本于性命双修。认为「无极」纯然是理，有是理而后有是炁，理炁混沌，是名「太极」。太极生三才立万物，理炁为性命之本，「与三才万物相为而无终」。又称无极乃「太极之真无」，太极乃「无极之妙有」；真无为性理之始，妙有为炁命之始。大道以无为体，以有为用，体用归一，理炁相依，有无动静而成变化之道。又称修炼分性命二宗。性宗以清虚寂静为本，忘情去欲为宗，以戒、定、慧为第一义；命宗以无为自然为本，专气抱一为宗，以精气神为第一义。然而戒、定、慧与精、气、神相依不离。「戒以养精，定以养气，慧以养神」「戒、定、慧依精、气、神而立，精气神依戒定慧以全」。故修道者应性命双修。又书中论修炼金丹，重在身心清静。认为「六根清静，方寸澄澈，便是真丹」。其丹法分顿渐两种，以存神养命人手者为渐法，以清净虚无从修性直入者为顿法，全真道所修为顿法，与释氏相类。书中极力论证佛道二教同轨，「佛性不异金丹」；「仙道不死，释道不生，一死一生，是为泥丸」。总之，三教合一，理炁混融，性命双修，戒、定、慧与精、气、神并重，是本书主要论点。
心目论
心目论，唐道士吴筠撰，原书收于吴筠《宗玄先生文集》卷中。《正统道藏》本又分出单为一篇，收入太玄部。本篇假设心目辨论，论述「动神者心，乱心者目」。谓人目光外驰，受物色诱惑，致使心乱神劳形弊。炼养形神者应守静契无，「睹有而如见空寂，闻韶而若听谷音」；窒欲解纷，灵府常静，则神生而形和。
修炼须知
修炼须知，编者不详，似出于元末。一卷，收入《正统道藏》太玄部。此书为内丹说辑要，分运火行持、朔望弦晦、防危护失、卵酉刑德、沐浴心虑、生杀爻铢、修真七事，凡七章。各章分别纂集魏伯阳、钟离权、吕洞宾、张伯端、白玉蟾、马丹阳、赵友钦、陈致虚等人言语，以论述内丹要旨。所引诸家以陈致虚《上阳子金丹大要》最多。疑为元末陈致虚门人所编辑。